Флора:
На территории Ак-Шыйрака и Сарычат-Ээрташского заповедника имеется сообщество полыни розоцветковой (Artemisia rhodantha) со злаками: птилагростис сидячецветковый (Ptilagrostis subsessiliflora), овсяница бороздчатая (Festuca sulcata), разнотравье – проломник шелковистый (Androsace sericea), остролодочник шароцветный (Oxytropis globiflora), змееголовник Паульсена (Dracocephalum paulsenii). Широко распространена формация овсяницы Крылова (Festuca kryloviana) с птилагростисом пурпурным (Ptilagrostis purpurea) и сидячецветковым (Ptilagrostis subsessiliflora), мятликом Литвинова (Poa litvinoviana) и кобрезии низкой (Kobresia humilis). Кобрезневники состоят из кобрезии волосовидной (Kobresia capiliformis), сосcюреи серебристолистной (Saussurea leucophylla), остролодочника шароцветного (Oxytropis globiflora), осоки узкоплодной (Carex stenocarpa), и кобрезии низкой (Kobresia humilis). Формация дриадоцвета четырехтычиночного (Dryadanthe tetrandra) образует подушки, между которыми произрастают осоки, вейник тянь-шаньский, (Calamagrostis tianschanica), соссюрея серебристая (Saussurea leucophylla) и др.
Фауна:
Млекопитающие
На территории Ак-Шыйрака и Сарычат-Ээрташского заповедника обитает более 26 видов млекопитающих: снежный барс (Panthera uncia), манул (Otocolobus manul), волк (Canis lupus), лисица (Vulpes vulpes), бурый медведь (Ursus arctos), каменная куница (Martes foina), солонгой (Mustela altaica), ласка (Mustela nivalis), горностай (Mustela erminea), степной хорёк (Mustela eversmanni), горный козёл, козерог (Capra ibex (sibirica), горный баран, архар (Ovis ammon), серый сурок (Marmota baibacina), кабан (Sus scrofa), тяньшанская мышовка (Sicista tianschanica), серый хомячок (Cricetulus migratorius), серебристая полёвка (Alticola argentatus (roylei), киргизская полёвка (Microtus kirgisorum), узкочерепная полёвка (Microtus gregalis), заяц-песчанник (Lepus capensis), большеухая пищуха (Ochotona roylei) и другие.
Виды включенные в Красную Книгу Кыргызской Республики: снежный барс, бурый медведь, манул, каменная куница и архар.
Птицы
На территории Ак-Шыйрака и Сарычат-Ээрташского заповедника зарегистрированы 92 вида птиц, включая 31 вид постоянно обитающих и 61 вид временно или встречающихся на пролёте. Группа хищных птиц включает беркута (Aquila chrysaetos), бородача (ягнятник) (Gypaetus barbatus), гималайского грифа (кумай, снежный гриф) (Gyps himalayensis), чёрного грифа (Aegypius monachus) и сокола балобана (Falco cherrug) и др. Птицы из семейства куропаток, обитающие на территории заповедника, включают улара (Tetraogallus himalayensis), каменную куропатку или кеклика (Alectoris chukar) и даурскую куропатку - чиль (Perdix daurica). В горных озёрах обитают Огарь (Tadorna ferruginea) и монгольский зуёк (Charadrius mongolus). Типичные виды из отряда воробьиных включают клушицу (Pyrrhocorax pyrrhocorax), альпийскую галку (Pyrrhocorax graculus), рогатого жаворонка (Eremophila alpestris), жемчужного вьюрка (Leucosticte brandti), гималайского вьюрка (Leucosticte nemoricola) и краснокрылого стенолаза (Tichodroma muraria) помимо других видов. На территории заповедника обитают 8 краснокнижных видов птиц: беркут (Aquila chrysaetos), бородач (ягнятник) (Gypaetus barbatus), гималайский гриф (кумай, снежный гриф) (Gyps himalayensis), чёрный гриф (Aegypius monachus), сокол балобан (Falco cherrug), филин обыкновенный (Bubo bubo) и серпоклюв (Ibidorhyncha struthersii).
